I Roskildebispens jordebog fra 1370 omtales Jonstrup for første gang i en skriftlig kilde. Bogen er en oversigt over bispens ejendomme. Jonstrup opregnes her med et bol jord, en vandmølle, to gårdsæder og godt fiskevand. Et bol var et landområde. Det gode fiskevand var Søndersø. Jonstrup var bispens ejendom.

Jon Sunesens fra Hvideslægten grundlagde Jonstrup kort tid efter år 1188 engang i tidlig middelalder. Jon ryddede skov og byggede en storgård ved bredden af Søndersø. Stedet fik navnet Jonstrup efter Jon.

Man mener, at storgården blev flyttet tidligt i 1200-tallet fra bredden af søen til det sted, hvor Jonstrup ligger i dag. Ejerskiftet til bispen er formentlig sket på dette tidspunkt. Man flyttede for at opnå en bedre beliggenhed ved landevejen, en bedre placering af vandmøllen ved Værebro Å, og ikke mindst for at opnå en central beliggenhed af bebyggelsen på Jonstrups samlede areal. 

Vandmøllen blev bygget, hvor landevejen til Bringe krydsede Værebro Å. De to gårde eller Jonstrup Bondeby blev bygget på en bakke nord for Jonstrup Seminarium og som nabo til vandmøllen. Bondebyen lå beskyttet på bakken, der var omgivet af sump og mose og af mølledammen mod syd. Vi kender ikke beliggenheden af hovedgården. Der er fundet bygningsrester på et bakkedrag ved Walgerholm nær skovdiget, og her mener man hovedgården kan have ligget. Jonstrup Mølle, Jonstrup Bondeby og hovedgården lå tæt ved alfarvej. Vejen forbandt Jonstrup med bispens borg Hjortholm, og fra Jonstrup gik vejen forbi landsbyen Bringe og mod bispens Roskilde og sognekirken i Kirke Værløse.